č. 3807/2018 Sb. NSS, Daňové řízení: nezákonnost daňové kontroly po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně

Žalovaný u žalobce dne 15. 11. 2013 zahájil daňovou kontrolu daně z přidané hodnoty za zdaňovací období leden 2011 až září 2013. Dne 18. 5. 2017 se žalobce ohradil proti pokračování prováděné daňové kontroly. Domníval se, že příslušné orgány měly aplikovat na řízení úpravu účinnou do dne 31. 12. 2013, podle které prekluzivní lhůta uplynula již po třech letech, tj. dne 15. 11. 2016. Se stížností u žalovaného a posléze ani s žádostí u nadřízeného správce daně však žalobce neuspěl. Podle daňových orgánů se na daňovou kontrolu vztahuje právní úprava prekluzivní lhůty účinná ode dne 1. 1. 2014, ačkoliv byla kontrola zahájena v roce 2013. Podle této úpravy lhůta ještě neuplynula. Žalovaný ukončil předmětnou daňovou kontrolu dne 18. 7. 2017.

Následně žalobce podal žalobu na ochranu před nezákonným zásahem u Krajského soudu v Plzni. Domáhal se určení, že daňová kontrola daně z přidané hodnoty za zdaňovací období leden 2011 až září 2013 prováděná žalovaným byla nezákonná.

Krajský soud rozsudkem ze dne 8. 2. 2018, čj. 30 A 159/2017-49, vyhověl žalobě pouze zčásti. S odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 11. 2017, čj. 10 Afs 206/2017-39, dovodil, že na otázku posuzování prekluzivní lhůty v projednávaném případě je aplikovatelné znění daňového řádu účinné do 31. 12. 2013. Podle tohoto znění odeslání žádostí o mezinárodní spolupráci nebylo možno považovat za právně relevantní skutečnost pro stavení a v konečném důsledku pro prodloužení prekluzivní lhůty. Lhůta ke stanovení daně ohledně kontrolovaných období uplynula dne 15. 11. 2016. Do tohoto dne proto byla daňová kontrola prováděna v souladu se zákonem (výrok I.). Od následujícího dne, tedy od 16. 11. 2016, až do jejího ukončení dne 18. 7. 2017 se již jednalo o nezákonný zásah (výrok II.).

Žalobce (stěžovatel) napadl výrok I. krajského soudu kasační stížností. Nesouhlasil s tím, že krajský soud rozdělil daňovou kontrolu na dva časové úseky a za nezákonnou označil jen tu část daňové kontroly, která podle jeho názoru probíhala po marném uplynutí prekluzivní lhůty.

Postup krajského soudu považoval za nepřezkoumatelný. Krajský soud neuvedl žádný důvod pro rozdělení na dvě časová období. Pouze odkázal na usnesení rozšířeného senátu ze dne 31. 8. 2005, čj. 2 Afs 144/2004-110. Citované rozhodnutí ale nijak nevysvětluje závěr, že nezákonnou kontrolou je kontrola prováděná v době, kdy již uplynula lhůta pro vyměření daně. Navíc se citované rozhodnutí váže výhradně k předchozí právní úpravě.

Daňovou kontrolu měl stěžovatel za…